2009年，恩派因开展“公益组织孵化器”业务在北京开设办公室，后由北京市西城区民政局作为业务主管单位，北京市西城区恩派非营利组织发展中心正式登记注册。由于业务发展需要，2012年底北京市恩派非营利组织发展中心在北京市民政局的指导下亦正式登记注册（简称：北京恩派），注册资金50万元。 北京恩派秉承“助力社会创新，培育公益人才”的组织使命，在吸收恩派在各地业务经验的基础上，初步形成了公益组织孵化培育、能力建设、项目评估及社会组织支持性平台建设四方面的核心业务。同时，北京恩派受北京市委、社会工委委托，托管运营了北京市社会组织孵化中心、西城区社会组织服务中心、朝阳区社会组织综合服务中心，为北京市形成了“一中心多基地”的社会组织支持与服务格局提供了技术支持与指导。 北京恩派从2009年起开展公益组织孵化器业务以来，根据各个公益组织的发展需求，通过日常咨询辅导、组织诊断评估等工作为北京市社会组织服务，截止目前已成功孵化近80家公益组织，其中57家顺利出壳，这些组织在项目设计、机构发展等方面取得了长足进步。在关注初创期公益组织的同时，北京恩派积极拓展成长期、成熟期的社会组织的能力建设工作，提供定制性的解决方案。社会创业家赋能计划、公益实务训练营、公益伙伴讲堂是北京恩派针对不同发展阶段公益组织设计的能力建设课程。根据培训对象的需求，为其提供包括参与式培训、集中培训、交流参访等服务，平均每年完成能力建设培训五十余期，服务组织约300家，直接受益1800人次。同时还接受青岛红十字会、青爱工程等公益组织邀请，为其机构和项目进行评估和战略辅导工作。